Ситуация такова. Есть конфигурация, которую много раз кто писал, не думая об остальных. В итоге в метаданных образуются два вида субконто, у которых разные названия, но одинаковый тип значения - Справочник.Договора. Одно субконто называется Договоры (остаток от типового), другое - Основание.

Кто и почему так сделал вынесем за скобки, сейчас это уже неважно и исправить ситуацию не представляется возможным, путем слияния этих двух субконто в одно.

Однако, требуется сделать отчет, который соберет информацию по БИ (если конкретно, то интересуют взаиморасчеты, но это неважно) в разрезе как раз справочника Договора. В связи с этим встает вопрос:

Если использовать такой вот код (это как раз два этих вида субконто с одним и тем же типом значения):

БИ.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Договоры,Договор,2);
БИ.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Основание,Договор,2);

или, если требуется, такой:

БИ.ИспользоватьКорСубконто(ВидыСубконто.Договоры,Договор,2);
БИ.ИспользоватьКорСубконто(ВидыСубконто.Основание,Договор,2);

то будет ли отобрано все верно?

Вернее немного не так, и тот и тот тип субконто есть и в типовых, проблема в том, что в типовой ВидыСубконто.Основание и ВидыСубконто.Договоры используются не в тех счетах, что и в обсуждаемой конфигурации.

Да просто сделай запрос и посмотри результат и сразу увидишь все ли отбирается как надо

как вариант можно еще и конструктором создать запрос