При проведении возврата товара поставщику c февраля перестали вообще вносится записи в регистры "НДС начисленный" и "НДС по партиям запасов".
Так должно быть или что-то у меня поломалось? Стоит РАУЗ.
Если перепроводить старые документы, то оттуда тоже вычищаются движения по этим регистрам.

Обработка - "Проведение по регистрам НДС" тебя спасет.