Подскажите какой порядок обновления в случае если и в основной конфигурации и в новой конфигурации поставщика изменена форма одного документа.
Конкретно у нас добавлен реквизит на форму, а 1С в новом обновлении удалила с формы не нужный реквизит.
Пробовал все варианты:
Приоритет основной, и приоритет новой - мой реквизит остается, удаленный 1С - не удаляется,
Вариант взять из новой - мой реквизит пропал, 1С удалился.
Есть ли вариант при котором и мои и 1С изменения к форме применяться?

Есть. Обновиться от 1с, своё добавить руками.
Потом эти руки оторовать.

(0) Рекомендую взять из файла, потом технологией copy-paste довнести свои изменения.

Объединение форм нормально не работает: слетают привязки, появляются дубли реквизитов и невидимые реквизиты, что в итоге требует ручного разбора полетов. Поэтому после объединения либо внесите изменения 1С (т.е. вообще не надо галочку ставить при объединении - все сделать потом), либо ваши изменения (в зависимости от того, что проще). Изменения 1С крайне рекомендую вносить по технологии copy-paste (т.е. копируем из типовой конфигурации и вставляем на нашу форму, иначе потом из-за несовпадения идентификаторов сравнение форм будет давать кучу различий).