Отпуск сотрудника идет в счет будущего периода, хотя не должен. В Справке по отпуску сотрудника, с самого начала ходит в отпуск "в минусе", хотя должны быть положенный 28 дней.
В какую сторону копать?

входящие остатки отпусков?

(1) В смысле входящие остатки? Я КУ почти не знаю, ещё в мае записался на курсы и оплатил их и до сих пор жду...
Новому сотруднику нужно вводить начальный остаток? Как? Каким документом?

Посмотрел у других сотрудников, в том числе и себя, у меня никаких входящих остатков нет. Но такой проблемы нет, проблема только у этого сотрудника(может и каких то ещё, но я про них пока не знаю)

(0) давай начнем с того что ты покажешь справку по отпуску

(4) Уже нашел проблему. В должности этого сотрудника было указано количество дней отпуска равное 0
Спасибо всем)

И настройку того, как отмечаются дни отпуска -  кадровыми документами или расчетными. Если кадровыми и на отпуск кадровиком наделана кучка документов без распроведения (ну любит он его, тренировался на кошках), то прострелить коленку кадровику. Еще бы можно было бы скрин с личной карточки Т-2 - где прописываются все приказы на отпуска.