можно ли проверить на значение справочника в запросе?
ВЫБОР
     КОГДА
          Док.Организация = Справочник.Организации.Значение нужной организации

можно
прям как написано если предопределенная или &Значение нужной организации если нет (параметр запроса)

(1) Да вот в том то и дело что не предопределенная!

тогда параметр запроса в самом деле!!!!