Добрый день. Пните в нужную сторону, весь мозг сломал...
В документе-источнике реквизит "подразделение" -независимый справочник, а в приемнике - подчиненный(владелец = Документ.организация). Как организовать конвертацию подразделения, чтобы подразделение искалось или добавлялось с учетом владельца.

В ПКС реквизита документа добавить во входящие данные ссылку на организацию, в ПКО подразделения, в ПКС владельца извлечь из входящих данных организацию (Значение = ...).

"В ПКС реквизита документа добавить во входящие данные ссылку на организацию" - в "исходящие" ?
извлечь из входящих данных организацию Значение = ВходящиеДанные.Организация ??

В ПКС реквизита документа добавить во входящие данные ссылку на организацию.  Источник в ПКС - сам реквизит. А как добраться до документа?

(3) Тебе до него добираться не надо

(4) а вдруг в (0) ТС не наморозил, у него действительно есть такой документ "Организация" ))

Документ.Организация- просто обозначает наличие реквизита в документе. И все таки как в пределах документа добраться до реквизита организация в ПКС подразделения ?

(6) Источник.Организация.
Ты вообще пробовал читать, что тебе пишут, не? Тебе в (1) еще ответили. Правда, (1) тоже не совсем в курсе, что оно и как, но работать будет.

(7) у меня был вариант открыть КД и посмотреть как я это делал. Но это долго искать. Поэтому написал по памяти ;)
Как минимум задал направление. Думаю автор и желающие могут докопаться до истины. ;)