Итак, суть проблемы: настраиваем оборудование, проставляем в драйверах соответствующие каждому устройству сом порт, все работает. Потом перезагружаем комп (не важно когда) и порты странным образом меняются местами: сканер ШК был на 2 стал на 3, а считыватель маг карт с 1 ушел на 4. Этот косяк может вылезти не сразу, а через 2 - 4 перезагрузки. Было ли у кого-нибудь что-то подобное и чем это лечится? (драйвера переустанавливали, реестр чистили)

порты настраиваете где, в базе или в винде ?

СОМ соединение в понятии одноэсника - немного другая вещь, отличная от СОМ порта

В базе.

Зайдите в системе в настройки оборудования и попытайтесь там указать номера портов, чтобы они не менялись.
По умолчанию, в Windows, кто первый "проснулся" того и тапки.
1С тут вообще не при чём.
P.S. можно купить USB-Hub и воткнуть всё в него, тогда ситуация с различной скоростью инициализации устройств не будет влиять.