Есть некий универсальный отчет, там через СКД созданы запросы и форматы вывода. Но отчет на них не реагирует. Все настройки, в частности запрос происходят в самом универсальном отчете после вызова процедуры:
УниверсальныйОтчет.УстановитьНачальныеНастройки(Истина);
Вопрос такой - почему СКД игнорируется и запрос формируется в универсальном отчете?

потому что когда делали механизм универсальных отчетов СКД еще не было

если мы про тот универсальный отчет, который в УТ 10 и БП 2

В УПП. Хорошо, но я же могу создать свой запрос в Начальных настройках, но он все равно будет выполнять другой, который в универсальном отчете. Как мне отключить его?

Посмотрите отчет "Валовая прибыль" (возможно не в УПП, а в УТ).
Вам нужно оформить текст запроса для построителя, и УниверсальныйОтчет.УстановитьНачальныеНастройки(Ложь), чтобы текст запроса не формировался автоматом по метаданным регистра.

Большое спасибо. Сделал по другому. Удалил в модулях отчета все и отчет стал через СКД работать. )