Требуются ссылки на теорию (ЗАКОНЫ И КОММЕНТАРИИ).
У сотрудника в одном из месяцов базы есть месяц, когда дней отработанных нет (и отпуска/коммандировок нет). Просто он не был на работе.

На ИТС сказано:
"Количество календарных дней в неполном календарном месяце рассчитывается путем деления среднемесячного числа календарных дней (29,4) на количество календарных дней этого месяца и умножения на количество календарных дней, приходящихся на время, отработанное в данном месяце. "

Однако есть и строка "или":

"В случае если один или несколько месяцев расчетного периода ОТРАБОТАНЫ НЕ ПОЛНОСТЬЮ ИЛИ ИЗ НЕГО ИСКЛЮЧАЛОСЬ ВРЕМЯ В СООТВЕТСТВИИ С П. 5 ПОЛОЖЕНИЯ..., утв. постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 № 922, средний дневной заработок исчисляется путем деления суммы фактически начисленной заработной платы за расчетный период на сумму среднемесячного числа календарных дней (29,4), умноженного на количество полных календарных месяцев, и количества календарных дней в неполных календарных месяцах."

П.5 Положения - это отпуска, больничные и т.п.

Есть два мнения.
а) т.к. дней отработанных нет - то количество расчетных дней будет 29,3*0(отработано)/31 = 0. Т.е. в приоритете отработанные дни.
б) т.к. нет отпусков/болезней - то 29,3*(31-0(дниВычитаемые))/31 = 29,3. Т.е. в приоритете количество дней отпуска/больничного и т.п.

Какое правильно?

Это не голосовалка. Нужны ссылки.

ЗУП считает по методу а.

исчисляется путем деления суммы фактически начисленной заработной платы за расчетный период на сумму среднемесячного числа календарных дней (29,4), умноженного на количество полных календарных месяцев, и количества календарных дней в неполных календарных месяцах

три месяца в расчетном

1000 / 29.3 + 1000 / 29.3  + 0 / 29.3 * 0

2000 / (29,4 * 2 + 0)

как бы в чем разница?

(0) а почему он не был на работе? чем закрыли?

(3) ничем. Это в другой программе, с которой делаем перенос данных.

(4) т.е. в ЗуПе просто исключили этого сотрудника из начисления? Если так, а не обнуление оклада, то понятно, почему 0. Если бы оставили ему расчет, просто сумму обнулили, то было бы 29.3. не думаю, что можно отсутствовать на работе месяц без всяких закрывающих доков. так что тут вопрос не в законодательстве. или напишите почему его не было, чтобы искать прям эти случаи, или ищите сами, если это секрет