В ФР повисла сумма, вечером закрываем смену, делаем выемку - все отлично проходит, печатается чек выемки, утром смену открываем, делаем X-отчет опять эта сумма болтается в разделе "Наличность в кассе". В чём может быть проблема?

наличность ? или инкассация
в драйвере фр в таблицах убери 1 показывать инкассацию

Именно после надписи НАЛИЧНОСТЬ В КАССЕ, потом идет ВЫРУЧКА и СМЕННЫЙ ИТОГ.