Собственно сабж, есть виртуальный сервер и usb ключи, как сделать так что бы 1С на сервере видела ключи с компьютера который подключен по РДП?

Никак.

В настройках RDP есть вкладка Локальные ресурсы -> Локальные устройства и ресурсы -> кнопка ПОДРОБНЕЕ, попробуй может настроишь чего.

(0) Есть спец софт для проброса портов usb во вне (виртуалка, рдп и тд)

http://www.usb-over-network.com/usb-for-remote-desktop.html

"usb ключи" - т.е. ключей несколько? что именно за ключи? клиентские машины и комп с ключами в одной сети или все дела через интернет?

(0) вы с raykom не братья? обсуждалось уже:
Удаленно подключить клиента так, что бы получать доступ к его USB.
(2) RDP пробрасывает не железное устройство, а условное, такое как папка, звук, принтер, камера и т.п.

(6) Нет, но он мужик прикольный )))