Иметься таблица значения полученная путем выгрузки старых движений документа,
имеются новые движения по документу полученные после перепроведения, имеется Таблица значений номенклатуры (Номенклатура+Характеристика+Серия) по которым было нужно перепроведение,
соответственно по тем по которым не нужно было перепроведение необходимо старые движения и таблицы значения которые были туда выгружены до перепроведения, загрузить обратно в движения документа.

вопрос как сие наиболее грамотно реализовать,
есть засада, строки могут дублироваться, например в ситуации, учет номенклатуры не по сериям видеться, а в реализацию её поместили  с серией разными строками в результате в регистре будут две строки с одинаковой номенклатуры без серии, бывают случаи когда просто в реализацию одну строчку на две разбивают (видимо с какой то целью) тоже две строки.

подскажите как быть?

Свободный поток сознания какой-то...

(0) Позвать специалиста.

(1) нет ) я реализую механизм перепроведение по управленческому учету по одной номенклатуре,
Суть такова, запоминаем движения перепроводим док по упр. учету, далее по номенклатуре которую НЕ нужно было препроводит движения возвращаем взад.

И ещё засада в том что может измениться количество записей регистров при перепроведении так как списание в этот раз может пойти не по одной партии а по нескольким.

(4) Не судьба это в алгоритм проведения встроить?

(5) что встроить и как? если проводить только то по тем номенклатурам которые нужно перепроводить пропадут остальные движение итд. думаю наиболее просто и сохранить движения в ТабЗнач перепровести и потом некоторые позиции по которым движения менять не нужно взад из ТабЗнач вернуть

(6) Есть настройка документа "Удаление движений" - "Не удалять автоматически". Формируй массив номенклатуры и перепроводи с учётом этого массива. Остальное не трогай. Если массив пустой - удаляй и перепроводи всё.
Хотя вообще, конечно, это в любом случае изврат, и имхо, тут надо сначала над методологией подумать.