Собственно надо поправить правила обмена для 7.7, одинаковые конфигурации - не выгружать помеченные на удаление.
В конфе "Конвертация" в "Перед выгрузкой объекта" прописал:

Если (ТипЗначенияСтр(Объект)="Документ") ИЛИ (ТипЗначенияСтр(Объект)="Справочник") ТОгда
    Если Объект.ПометкаУдаления() = 1 Тогда
    Отказ = 1;
    КонецЕсли;
КонецЕсли;

Работает, напрямую не выгружает удаленные. Но если на этот удаленный объект идет ссылка откуда то - то выгружает и его.
Что то не пойму, где еще что прописать?

Перед конвертацией объекта

(1) Спасибо, похоже то что нужно!