В обработке прописан путь для сохранения на диск файла. Когда работает в фоновом режиме не сохраняет, а когда запускаю обработку руками, все сохраняет. В чем может быть причина?

в том что фоновое задание работает на сервере и сохраняет на сервере

правов не хватат.
У того зверя, под ком работает сервер 1с

(2) чето мы недопереванговали. мож у пациента файловая?

(3) Паяльник предлагать?

Серверная, с правами все ок

(5) Черепашка приползла?

задание то запускается?
выполняется без ошибок?

(5) ну так и проверяй файл в папке сервера

Я и так на сервере, задание запускается и тут же останавливается.

смотри в логах на чем упало

(10) А подскажи, где логи хранятся?

журнал регистрации же

ещё есть обработка консоль заданий на ИТС

(13) Консоль заданий и смотрю, ошибок пишет нет