С чем может быть связано?
В обоих базах документы не трогали, т.е. в журнале регистрации последнее редактирование документа 2 месяца назад. И тут сегодня в одной из баз документ удален (при обмене).

кто-то/что-то зарегистрировал в обмен "Удаление объекта"

настроен обмен по одной организации.
В первой базе, в плане обмена стоит фильтр по организации А.
во второй удаляется документ по организации Б.

при чем не все подряд удаляется, а выборочно как-то...

(1) А как можно зарегистрировать минуя запись об этом в журнале регистрации?

(3) дык типовой обработиной от КД

(4) исключено. У пользователей нет прав на такие действия.

есть ещё встроенная обработка - регистрация изменений для обмена

поправка:
Месяц назад, отключив обмен, в базе А документ переделали, потом очистили все зарегистрированные объекты для узла и потом включили обмен. (данная организация не стоит в отборе на выгрузку)

ну это не принципиально, я думаю. т.к. все сосуществовало нормально.... до определенного дня...

(1) а как можно зарегистрировать в обмен "Удаление объекта"?

обработка регистрации для обмена, она же просто регистрирует объект на выгрузку, нет?

(4) а что за типовая обработина от КД, которая может зарегистрировать признак удаления?

Прошу уточнения. Как можно зарегистрировать объект на удаление, чтобы он удалился в другой базе, не в той, в которой регистрируют?