Есть Розница, которую я запускаю из планировщика Windows и при запуске запускаю автообмен, все работает, а вот по завершению обмена закрыть ее не могу (

Запускай под "другим" пользователем.
У меня все летает автоматом без участия продавца

(0)ЗавершитьРаботуСистемы(Ложь) в конце автообмена

можно и без запуска сделать. через ком коннектор скриптом обмен делать.
но это совсем другой уровень.