Умею выбирать справочники и документы конкретного типа, умею проверять ссылку:
...
ГДЕ
  ТоварыНаСкладах.Регистратор ССЫЛКА Документ.СписаниеТоваров

А вот как выбрать вообще все справочники?
Практическая польза - например, хочу выбрать все справочники, помеченные на удаление.

Метаданные не подходят?

(0) в Цикле обходя метаданные, строй запрос с объединением

Я когда-то делал отчет по справочникам.. счас поищу, на инфостарте валялись..

Вот, нашел:
http://infostart.ru/public/19585/

главное в ограничение на 256 таблиц на запрос не упереться ))