(5) У реквизита, который не виден, есть тип ("Справочник.номенклатура"например). Если у пользователя есть право на чтение этого справочника (право "чтение"), но нет права на просмотр (право "Просмотр"), то СКД будет игнорировать все реквизиты с таким типом. Но это в теории. я помню, что когда-то я делал отчет, где к регистру продажи привязывал регистр сведений закупочные цены. и вот колонка с закупочными ценами была только у тех, у кого было право "просмотр" на этот регистр сведений
Вероятнее всего дело в правах доступа.
Нужно проверить все возможные типы для искомого реквизита. Если хотя бы для одного типа у роли нет прав, то его пользователь видеть не будет.