Собственно пришлось вести учет по подразделениям.
Настройку синхронизации Розница-Бухгалтерия я настроил, после того как обновил базу до версии КОРП – решил заново создать синхронизацию. И на шаге где нужно выбрать настройки обмена – программа Бухгалтерия ругается: «Файл содержит настройки обмена для другой информационной базы.»
А в 1С Розница нельзя(не нашел) где можно выбрать выгрузку для БП КОРП.