Можно ли переносить только остатки по конкретным счетам - а то началось - забыли то, забыли се...

нет

(1) неправда ваша, можно.
только группами счетов по разделам учета (ТМЦ, Взаиморасчеты, ДС,прочие счета)

(2) как это выбрать?

(4) Правила в обработку грузишь и выбираешь группы счетов по разделам учёта.

+(4) Потом выгружаешь. И загружаешь так же.