был изменен код, динамическое обновление, уточните плиз - если не перезапускать службу сервера 1С - на нем будем исполняться старый код в задании, или новый?
п.с. проблемы связаны тоже с управляемыми блокировками, почти как тут:
Конфликт блокировок при выполнении транзакции