Как указать в СКД настройки, что эти данные для варианта 1 надо брать из НаборДанных1, а вот эти данные для варианта 2 надо брать из НаборДанны2 и т.д., где это указывается?

Это 2 разных отчета

Это вопрос или утверждение, да, два разных запроса, да, хотелось бы сделать два разных отчета в одном СКД

делаешь два не связанных набора данных.

Потом делашь 2 варианта отчета, в каждом группировки из своего набора данных ну и настраиваешь отборы и т.д.

(3)если названия реквизитов пересекаются то будет каша.

(0) Нет там такого. У СКД все данные функциональны. Нельзя написать 30 наборов данных, И при этом использовать только 20-тый. Добавления наборов там в основном для организации подсчетов на различных уровнях Группировок.

(3) Лучше сделать Две или Пять схем компоновки данных. И подсовывать в зависимости от условия.

спасибо

(0) Если поля в наборах совпадают, посмотри как сделано в ведомости по учету затрат в КА или УПП

(2) Это утверждение. Сделай 2 отдельный отчета и не полощи моск