(0) Любая программа, которая умеет сравнивать каталоги kdiff3, ExamXMLpro, WinMerge.
Сравниваешь каталоги, фильтруешь "только измененные". На этом этапе уже видно, какие подсистемы менялись. И уже измененные файлы между собой сравниваешь поштучно.
Для поштучного сравнения удобнее упрощать файлы при сравнении как в (3)