В закладке Параметры есть параметр Булево, как сделать, что бы на универсальную форму он выводился в виде Флажка? Не могу в СКД найти опции такие.

Ну очень надо, подскажите куда рыть

"универсальную форму " - не знаю, о чем вы. А графически отобразить Булево - в конструкторе по-крайней мере - думаю, что не получится. Но можно вывести в условном оформлении викторию "v". А можно посмотреть сюда http://infostart.ru/public/315769/.

Я имел в виду Общую ФормаОтчета к которой подключается СКД, если у нее нет своей формы. Реквизит в нее выводится в корявом виде с флажком (Использовать) и выбором Булево - Истина и Ложь, нафига это, если можно просто Флажок оставить, мне юзер мозг выносит, работу не принимает.

"которой подключается СКД, если у нее нет своей формы" - если у отчета на СКД нет своей формы, то платформа генерирует форму, в которой насколько мне известно ничего не поменяешь (просто потому, что ее в конфигураторе нет).
Либо же вы работаете в конфигурации, которая определяет общую форму для СКД в момент его вызова.
В любом случае, для такой хотелки лучше создавать свою форму. Или копировать общую, и в ней воротить.