Здравствуйте,
может кто подскажет куда копать?

1. ПТиУ формирует приходные движения регистра "НДС предъявленный", вроде нормально.
2. Дальше по хронологии делаем документ "Списание НДС", который делает расходные движения регистра "НДС предъявленный", вроде тоже нормально.
3. Дальше делаем счет фактуру, который списывает весь НДС, но без учета уже частично списанного НДС. Счет фактура как будто не видит списаний НДС, сделанные документом "Списание НДС".
Чего смотреть? Что проверять?

(0) скорее всего суммы надо ставить руками. Думаю в обработку заполнения на основании не заложен механизм проверки остатка по регистру ндс

(1) куда ставить-то? в суммы проводок и движений регистров?

(0) это что за порядок учета НДС такой? где такое описано? для какой ситуации? Если есть сч-ф, то зачем списывать?

(3) были куплены запчасти, потом их украли, поэтому мы решили списать ндс, с тех запчастей которые украли

(4) счет фактура полностью должна переносить сумму на счет 19. А уже потом делать списание НДС и оставшуюся часть запись книги покупок.

(5) если делать списание НДС после СФ, то на 19.3 зависает отрицательный остаток. Как быть с ним?

(6) Снять в счет-фактуре полученном флаг "Отразить вычет НДС".

(6) а зачем списывать нДС? украли ну и че? НДС потом к вычету примете уменьшите базу облагаемую

никому не говорите просто что у вас украли

В проводках всчетфактуре у тебя и дебет19 и кредит19?

(10) нет конечно, нормальные проводки там, 68-19

(7) тогда проводок не будет вообще никаких, ФЗКПок сделать?

(12) Ага.

А вообще порядок может быть такой.
1. Поступление 1180руб, в т.ч. 180руб - НДС
2. Принятие НДС к вычету 180руб
3. Обнаружили, что нельзя принять к вычету часть суммы НДС - например 50руб.
4. Восстановление НДС, документ такой есть, 50 руб
5. Списание НДС 50 руб.

(2) руками в документ Списание НДС, там же вкладка есть с товарами. И руками подправить в Формировании записей книги покупок.