необходимо удалить за двоёные значения справочника, вопрос какие подводные камни бывают с этой обработкой? насколько корректно в регистрах значения подменяет?

если РИБ есть (или вобще обмены), изменения по узлам не пойдут

(1) Риб нет, значит всё ок должно быть?

(2) голову не отключай только