Добавил реквизит склад в табличную часть "Товары", теперь нужно при проведении, чтобы в проводках фиксировались склады из табличной части, а не из шапки.

Все запросы перерыл в менеджере объекта, куда вставлять склад. В какую таблицу? В таблице "ВременнаяТаблицаТовары" вставил, но все равно не прокатывает.

(0) Лучше не лезь с такими навыками.
Начни с отладчика.

(0) не ломай типовой функционал
в своей подписке на событие замени основной склад складами из ТЧ в НЗ нужных регистров

Посмотрел посты ТС. Неплохо, пятнично