Собственно вопрос - как это сделать - желательно весь алгоритм, если можно то с пруфами, а то в инете не могу толком найти! заранее спасибо

Обновить, потом обрезать.
или
Обрезать, потом обновить.

обновить до последних, применить правила из комплекта.

Бухия 2.0переписанная много дописок, до последнего релиза обновлю, а затем типовыми методами? поподробнее можно? ни разу не делал такое

в буху 3.0 типовую переносить будете?
или сначала дописывать нужные механизмы?
типовыми методами точно не пройдет если метаданные меняли, только пилить правила.

была переписанная бухия 2.0, приняли решение взять чистую типовую БП 3.0 и туда просто остатки по оборотке выгрузить!

Как выгрузить остатки по оборотке на начало года?

(6) что-то мешает открыть коробочную документацию и прочитать её ?

Год назад я делал так: формировал остатки в консоли запросов, выгружал в Excel, оттуда в текстовый файл. После чего писал обработки загрузки в документы переноса. Потом с бухгалтерами смотрели, что получилось, изменял обработки и загружал снова. Так до полного удовлетворения. Если что, свои запросы и обработки могу кинуть. Пиши на мыло.