У нас УПП активно дорабатывается, я считаю что блок Управление автотранспортом вёлся отдельно, потом просто сделать выгрузку в головную базу , Снабжение целый модуль доработали, я его тоже вынес бы в отдельную базу. Планируется ещё пара модулей.
Как вы считаете лучше вести всё в одной сильно перепиленной базе  или в нескольких с обменами?

Всяческие обмены всегда и без исключений приводят к геморрою. Вопрос только во времени и в степени криворукости.

(4) + 100500
если грамотно включить новый блок в свою УПП, то оно не сильно усложнит обновление.