Выбрать сотрудников, которые работали в Организации (указанной в отборе, параметре и тд) и этих же сотрудников, если они работали в другой организации и вывести Организацию1 (по отбору) и Организацию2 (в какой работали помимо Организации1)

ну и?

(1) как реализовать запрос или как сделать это в скд?

соединяй левым соединением справочник сотрудников с регистром

(3) выбирает тех сотрудников, которые есть в регистре, какой смысл

нужно выбрать сотрудников по организации, которые работают ещё в других организациях

1)Выбери в Врем Табл сотрудников которые сейчас работают
2)Соедини Врем Табл с регистром по сотруднику выбери когда орг <> орг1

(6) спасибо, натолкнули на мысль.

один сотрудник (имеется ввиду элемент в справочнике) не может работать в двух организациях.

выбираешь физлиц, и смотришь через соединение по сотруднику в каких организациях они работали. и отбираешь для нужной и для остальных. если одно и то же лицо попало в оба списка то выводишь.

(8) так точно, если кому интересно, запрос:

ВЫБРАТЬ
    ВложенныйЗапрос.СотрудникФизлицо КАК СотрудникФизлицо,
    ВложенныйЗапрос.Организация,
    РаботникиОрганизаций.Организация КАК ОрганизацияДополнительная
ИЗ
    (ВЫБРАТЬ
        РаботникиОрганизаций.Сотрудник.Физлицо КАК СотрудникФизлицо,
        РаботникиОрганизаций.Организация КАК Организация
    ИЗ
        РегистрСведений.РаботникиОрганизаций КАК РаботникиОрганизаций
    
    СГРУППИРОВАТЬ ПО
        РаботникиОрганизаций.Организация,
        РаботникиОрганизаций.Сотрудник.Физлицо) КАК ВложенныйЗапрос
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.РаботникиОрганизаций КАК РаботникиОрганизаций
        ПО ВложенныйЗапрос.СотрудникФизлицо = РаботникиОрганизаций.Сотрудник.Физлицо

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ВложенныйЗапрос.СотрудникФизлицо,
    РаботникиОрганизаций.Организация,
    ВложенныйЗапрос.Организация

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    СотрудникФизлицо