Релиз 3.0.37.29
http://smages.com/images/22zwz.png

Из Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137:
8. Стоимостные показатели книги покупок указываются в рублях и копейках, за исключением показателя, отражаемого в графе 15, в случае приобретения товаров (работ, услуг), имущественных прав за иностранную валюту.
(в ред. Постановления Правительства РФ от 30.07.2014 N 735)
Графа 15, но 16. Про неё ничего не сказано, однако в 1С её тоже сделали исключением.

Значит так оформлена счет фактура. В регистре накопления "НДС предъявленный" сумма НДС в валюте значит.
Договор в валюте? Счет фактуру оформляете на основнии Поступления товаров и услуг? - проверте в ПТУ на закладке "Цены и валюты" - рубли или баксы?

Договор в валюте. Основание "Списание с расчетного счета". Там суммы в валюте.

Договор: Цена в "USD" и оплата USD