Вернее, не совсем БСП...
Был у меня один служебный справочник, для которого понадобилось непосредственное удаление элементов (программное). Ни на что не завязанный. Ну вот вообще. А пользователю с соответствующими правами валит на него ошибку прав. Без подробностей. И в ЖР тоже не пишет.
Выясняется. В БСП (в основном в подсистеме управления доступом) есть регистры сведений с ведущими измерениями типа любая ссылка, ссылка на любой справочник и т.п. И несмотря на то, что связанных записей нет - из-за них не дает удалить (нет прав на эти регистры). Ситуация понятная, но человечески почему-то не диагностируемая. Может, эта байка кому время сэкономит на понимании. Выход-то простой - делать такие вещи в привилегированном режиме.

лучше не удалять непосредственно
или пользоваться v8exchan82.epf

Это понятно. Обычно это не нужно, поэтому и не сталкивался. Просто забабахал альтернативное хранилище пользовательских настроек вариантов отчетов на служебном справочнике, а удаление ненужных настроек  пользователем сделал через непосредственное удаление. Подсистема "Варианты отчетов" как-то не приглянулась. Шарить варианты отчетов не было необходимости. Была необходимость управления пользовательскими настройками других пользователей. А через стандартное хранилище пара фишек не получалась.

(2) Надо было сделать регистр сведений.
Из него записи можно удалять "Непосредственно".

В бп 2.0 в обработке уделение помеченных объектов обходится ситуация с регистрами с велущим измерением , по идее и в 3.0 тоже, предлагаю посмотреть там код.

(3) Мне на справочнике больше нравится.
(4) Проблемы нет. Обходится, уверен, элементарно - делается из привилегированного модуля или в привилегированном режиме. Пост чисто для информации. Так как самому пришлось немало времени потратить, чтобы до причины докопаться.

(5)" Мне на справочнике больше нравится. "

Из-за этого велосипеда имеешь непредвиденные ошибки.
ССЗБ

(6) Справочник подходит ничуть не хуже, а возможность сослаться на настройку еще может пригодиться.