Как с отрицательных остатков на счете 41 создать приход в бухгалтерию?

Вариант1: пригласить программиста для решения этой задачи
Вариант2: выгрузить оборотку в Excel, полученные данные загрузить в ТЧ созданного ручками документа поступления, заполнить всё, что требуется ручками.для этих целей потребуется обработка по загрузке в ТЧ документа из файла (легко ищется на профильных ресурсах)

и не забываем, что сальдо конечное и отрицательные остатки в периоде - разные вещи

Включить головной мозг - он буХГалтерам вобщем-то желатьелен - и пойти в поисковик. Если же в наличии буЛГахтер - то так себя и называть..
вот например: http://infostart.ru/public/274666/

Также, специально для буЛГахтеров отметим, что СЧФ обычно не являются документами для регистрации взаимоотношений по движению матценностей между участниками сделки. СЧФ предназначены для фиксации "расчетов" участника сделки с Государством. Поэтому приплетать к 41 счету СЧФ - это радостно!