1С:Предприятие 8.2 (8.2.19.83)
Бухгалтерия предприятия, редакция 2.0 (2.0.64.14)

Правлю в копии базы ,1совский общий модуль, 1совскую процедуру ,
сохраняю ,выгружаю конфигурацию в файл , в рабочей базе запускаю
сравнение объединение конфигураций , разнице в 1с не находит.
Как такое может быть ?

сохранил или обновил?

>Как такое может быть ?

протух кэш, кривые руки

Динамическое обноление да? Проходили такое.
Внеси любое изменение в этот модуль, чтоб версия объекта метаданных поменялась. 1С определяет измененность объекта по его версии, а не содержимому.
Ну или кэш.

(0) самое простое - удали базу из стартера и заново добавь кеш и очиститься