Есть задача - пройтись по помеченных на удаление товарах, и удалить их из определенного вида документов.

Запрос.УстановитьПараметр("Номенклатура",СсылкаНаУдаляемыйТовар);
            Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
            Пока Выборка.Следующий() Цикл
                Об = Выборка.Ссылка.ПолучитьОбъект();
                Для Каждого СтрДок Из Об.Номенклатура Цикл
                    Если СтрДок.Номенклатура = СсылкаНаУдаляемыйТовар Тогда
                        Об.Номенклатура.Удалить(СтрДок.НомерСтроки-1);
                    КонецЕсли;
                КонецЦикла;    // по табчасти документа
                Об.Записать();
            КонецЦикла;    // запрос по документам

Данный код удаляет номенклатуру строки из табчасти. Если зайти в документ, строки действительно получаются удаленными. Но штатный поиск ссылок на объекты, все равно показывает, что такая номенклатура есть в документе.
А если вручную зайти в документ и перезаписать его, то только тогда пропадает из поиска ссылок.

Как его программно удалить по нормальному?

с конца тч двигайтесь, чтобы не сбивалось

Документы проведенные?

Об.Записать(режипроверения.провести); как-то так

Есть ли у документа другие табличные части?

Часть проведенных, часть нет.
Другие табчасти есть.

в движениях по документу ссылки остались.

Спасибо.
Так помогло :
Р = ?(Выборка.Проведен,РежимЗаписиДокумента.Проведение,РежимЗаписиДокумента.Запись);
                Об.Записать(Р);

(5) если проведен тогда
Об.Записать(РежимЗаписиДокумента .Проведение );
иначе
Об.Записать(РежимЗаписиДокумента .Запись );

(7) угумс