Конф. основная типовая измененная, подготовил и выгрузил в CF,
В этом СF две конфы(пост. и основн.)?
теперь чтоб это все встало я должен на рабочем месте выбрать "загрузить из файла"?,

(0) Вроде таким образом поставка не выгружается (могу ошибаться).
Загрузить из файла не рекомендую. Можно погубить данные. Если не совпадут идентификаторы где-то.
Я на рабочей делаю сперва обновление с типовой со всеми снятыми галочками кроме добавленных объектов.
А потом объединяю с выгруженной и подготовленной основной.
Может и не оптимально, но лично у меня проблем из-за такого обновления не возникало.

(1) Единственный известный мне подводный камень такого обновления - это если не заметить дважды измененные реквизиты с множественными типами, можно потерять часть типов и соответственно попортить базу.

не понятен контекст ".. на рабочей", это конфигур. или ИБ, т.е. в ИБ с которой работают, я выгрузил измененную конфу в CF, создал новую ИБ, и залил туда этот CF, потом обновился с типовой и внес изменения, т.е. подготовил CF и выгрузил в файл...

(0) Я пользуюсь "загрузить из файла".
Загружается все, и основная конфа и конфа поставщика.
То что в (1) пугают несовпадением идентификаторов - не слушай - это специально надо постараться попортить, чтобы идентификатор поменялся. К тому же как раз и надо, чтобы сопоставлялось в точности по иденитификатору, а не по наименованию, как может произойти при объединении. А то возьмешь реквизит, переименуешь его, а рядом добавишь новый реквизит с наименованием как у старого - при объединении произойдет фигня.

(3) Лучше напиши, что хочешь обновить

(3) Потом берешь то, что тебе надо обновлять, обновляешь типовой, сохраняешь, но не применяешь изменения к конфигурации ИБ, делаешь сравнение/объединение со своим подготовленным cf, таким образом в обновление подгружая нужные тебе изменения и только после этого применяешь изменения к конфигурации ИБ

(4) Если конфигурация на поддержке с возможностью изменения, то загрузить не получится.

(7) Получится

(6) черт, я понял, как мало я знаю..., почему то более понятен способ "gae"

(9) Ну я только про то написал, как загрузить подготовленную обновленную конфу в рабочую базу. А про то как само обновление делать правильно - это еще отдельная тема.

(9) Понятен - делай, какие проблемы