Есть выбранные документы запросом.Подскажите, как изменить реквизит документов, например склад или контрагента.

получить объект, поменять реквизит, записать объект

надо обойти запрос
для каждой строки выборки запроса:
получить из ссылки объект
установить нужное значение реквизита объекта
записать объект

Пройти курсы 1С не предлагать...