1с 8.2 Комплексная автоматизация (но вполне может быть и в других конфигах такое):
Используется партионный учет. из-за этого на регистре "НДС начисленный" в некоторых случаях сумма НДС может быть на копейку больше, чем итоговая сумма НДС по накладной (если какая-либо строка накладной представляет собой более 1 партии - погрешность вычислений). Т.к. данные с этого регистра документом "формирование записей книги продаж" попадают в регистр "НДС продажи", откуда затем берутся в книгу продаж, то в некоторых строках этой книги может быть все то же расхождение по НДС с накладной, которая ушла клиенту. Клиент будет сдавать в декларации книгу покупок и при сверке в налоговой, по идее, должны будут обнаружиться расхождения по суммам НДС по данным клиента из его книги покупок и нашей книги продаж. Кто-нибудь озадачивался этим вопросом?

Что с этим делать? и нужно ли?

(0)[Кто-нибудь озадачивался этим вопросом?]
нет

с какого боку здесь партии?

(3) особенность УПП и КА

(1) А смотрели в регистр "НДС продажи" какая сумма попадает?

(5) Туда записывается то, что в документе "формирование записей книги продаж" в колонке НДС. При заполнении этой колонки берутся остатки по регистру "НДС начисленный" - т.е. сумма НДС, подсчитанного в разрезе партий. Соответственно в части случаев он расходится с итогом по НДС в накладной на копейку.
В одной организации, как мне известно, из-за этого вручную поправляли колонку в документе формирования записей, чтобы этих расхождений не было в книге продаж - даже когда еще ее не сдавали целиком в декларации. Но у них объем данных еще позволяет такие финты, у нас не прокатит - слишком большой..

(6) не парься, копейка ниже уровня значимости

(7) я только за! бухгалтера беспокоятся, что от налоговой могут быть претензии.. а т.к. я не знаю тонкости - до какой степени налоговая будет придираться при сверке между контрагентами, то единственный аргумент для успокоения - что такое явление у многих будет, у кого партионный учет и декларация в 1с, и массово будем выть, если что :) ну и какое-нибудь будет более активное обсуждение проблемы и вариантов решения...

(8) [бухгалтера беспокоятся, что от налоговой могут быть претензии]
ну так пусть облекают своё беспокойство в письма/звонки ФНС, запросы в Минфин, походы на семинары, активность в своих форумах