то, что ты "привел в соответствие с конфигурацией хранилища" не значит , что объекты с одинаковыми уид
просто подключись пустой конфигурацией к хранилищу и получи ее оттуда
1) выгрузить рабочую базу
2) Загрузить ее в копию для последующенго подключения
3) отключиться от хоронилища
4) подключиться к хоронилищу
5) приводить все в соответствие уже в хоронилище.
6) ???
7) Профит.
при подключении к хранилищу у тебя конфа будет из хранилища. Все твои справочники тебе придется сравнивать/объединять захваченными в хранилке с конфой, не привязанной. Еще и с настройкми сравнения, т.к. отметили в(2)