При закрытии формы контрагента кнопкой "ОК" в его контактных лицах устанавливается такая же пометка на удаление как и у контрагента: становятся не помеченными старые контактные лица, которые ещё не успели удалить.
Можно удалять почаще, а можно и в процедуре ПриЗаписи модуля объекта справочника Контрагенты закомментировать запрос и цикл по контактным лицам.