В модуле объект отчета на СКД хочу получить программно текущие группировки, они отличаются от тех что установлены в СКД по умолчанию.

Вот так показывает группировки, которые установлены по умолчанию
КомпоновщикНастроек.Настройки.Структура[0].Структура[0].Структура[0] ...

а мне нужно те которые пользователь может установить произвольно в текущей настройке отчета

Вообще задача стоит узнать содержит ли отчет нужную группировку и поменять текст запроса, вот уперся на том как узнать какие группировки выбрал пользователь

Поднимаю тему, использую такую функцию для определения наличия группировки в отчете

Функция УстановленаГруппировка(НастройкиГруппировки, ИмяГруппировки)
    Для Каждого ПодчСтруктура Из НастройкиГруппировки.Структура Цикл
        Для Каждого ПолеГруппировки Из ПодчСтруктура.ПоляГруппировки.Элементы Цикл
            Если ПолеГруппировки.Использование = Истина И ПолеГруппировки.Поле = Новый ПолеКомпоновкиДанных(ИмяГруппировки) Тогда
                Возврат Истина;
            КонецЕсли;        
        КонецЦикла;
        Если УстановленаГруппировка(ПодчСтруктура, ИмяГруппировки) Тогда
            Возврат Истина;
        КонецЕсли;            
    КонецЦикла;
    Возврат Ложь;    
КонецФункции

(2+) запуская так в модуле объекта
Если УстановленаГруппировка(КомпоновщикНастроек.Настройки, "Склад") Тогда

в компоновщике настроек как раз и должна храниться текущая настройка пользователем.
Может это УФ, тогда посмотри пользовательские настройки

(4) У меня как раз УФ, облазил все свойства компоновщика, не могу найти что-то подобное

КомпоновщикНастроек.ПользовательскиеНастройки?
А вообще идея дурацкая, сразу видно. Потом тебе придется ресурсы рассчитывать по-особому,потом еще что-нибудь.

(6) КомпоновщикНастроек.ПользовательскиеНастройки?
наверное, только там черт ногу сломит, так и не нашел

Уже все сделано, как раз в зависимости от группировок ресурсы рассчитываются по разному, остался только вопрос с группировками