В последней конфигурации УПП нет галки "Включать обособленное подразделение" на формах отчетов "книга покупок" и "книга продаж". В коде есть анализ структуры параметров с этими полями. В более ранних версиях была галка, но она не работала.
1С где ни будь правильно сделало, или в обоих случаях косяк?

Три точки жми, при выборе операции и ставь галки))

*организации

(1) А можно картинку где 3 точки жать? Реквизит ссылка справочник Организации.

(3) Открываешь реготчетность НДС, там выбор организации и квартал, вот у организации жми на три точки и ставь в списке галочки на организации и обособленных, потом ОК и будет счастье.

(4) Спасибо! :)