БП 3.0.39.62

При закрытии последнего месяца в квартале пункт Формирование книги покупок и продаж всегда отмечен галочкой, карандашиком и выделен зеленым цветом.

Т.е. можно уйти далеко вперед. Например, сентябрь 2016. И все равно в обработке Закрытие месяца стоит пометка о ручной правке и выполнении операции.

Как следствие операция не выполняется.

Проверил параметры учета, учетную политику - там, вроде как, таких настроек и задать-то негде. Можно в Помощнике по учету НДС пометить операцию как выполненную. Но это же в каждом конкретном случае, а тут - всегда.

Где такая настройка может задаваться?

ну посмотри что лежит под надписью