По каким полям синхронизируется справочник "Организации"?
При загрузке из ЗУП в БП создаётся новая организация, при том что в БП уже есть организация с таким же наименованием, кодом, ИНН, КПП как и в ЗУП.
Или можно посмотреть XML файлик, проверить что там в реквизитах.
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший