По каким полям синхронизируется справочник "Организации"?
При загрузке из ЗУП в БП создаётся новая организация, при том что в БП уже есть организация с таким же наименованием, кодом, ИНН, КПП как и в ЗУП.

наименование,инн,кпп

(1) но почему тогда может создаваться еще организация

(2) Заполните реквизиты копипастом.
Какие-нибудь невидимые символы, пробелы могут мешать.

Или можно посмотреть XML файлик, проверить что там в реквизитах.