В меню настройки команд можно настроить кнопочки для той или иной панели, чтобы при нажатии на эту кнопку открывалась форма списка документа или форма отчета.
Если непонятно объяснил - вот эта форма http://stimul.kiev.ua/img/materialy_panel_instrumentov_knopki_znachki_nastroyki/p008002.png

Проблема: я добавил в конфигурацию свой документ, но он не появился в этой форме ни в закладке конфигурация, ни в закладке все команды. Почему и как сделать чтобы появился?

а с фига ли ему в главном меню появиться?

(1) У формы в заголовке действительно стоит "Настройка главного меню", несмотря на то, что настраивается панель, а вовсе не главное меню.

+(2) если под главным меню подразумевать строку Файл Правка Оперции Справочники и т.д.