Хочу получить наборы записей из регистра расчетов в док2:

НаборЗаписей = РегистрыРасчета.Надбавки.СоздатьНаборЗаписей();
НаборЗаписей.Отбор.Регистратор.Установить(Тип("ДокументСсылка.Док1"));
НаборЗаписей.Прочитать();

Но набор записей пуст оказывается :(

потому, что ты всё делаешь неправильно

(1) а как нужно?

1. запросом
2. регистратор - это не тип, а ссылка

(3) вот так

Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.Текст ="ВЫБРАТЬ
                  |    Надбавки.Регистратор КАК Регистратор
                  |ИЗ
                  |    РегистрРасчета.Надбавки КАК Надбавки";
    Результат = Запрос.Выполнить();
    Выборка = Результат.Выбрать();
    Пока Выборка.Следующий() Цикл
        Если Выборка.Регистратор = Тип("ДокументСсылка.ТабельУчетаРабочегоВремени") Тогда
          НаборЗаписей = РегистрыРасчета.Надбавки.СоздатьНаборЗаписей();
          НаборЗаписей.Отбор.Регистратор.Значение = Выборка.Регистратор;
          НаборЗаписей.Прочитать();
      КонецЕсли;

(4) все равно неправильно. Попробуй взять и почитать какую-нибудь книжку. Хоть Радченко.

(4) запросом получать нужные данные же... (рукалицо)

(6) Получил данные запросом. Однако ПолучитьБазу() работает лишь с Набором записей. С выборкой такой метод не определен.