Про запуск 1с с использованием параметров командной строки написано довольно много, но ответа на такой вопрос я не нашел.
Можно ли из командной строки задать имя пользователя и пароль, а из формы выбора базы уже выбирать ту или иную базу, или конфигуратор?

настраиваем вин-авторизацию и не парим мозги

(1) +1

(1) не вариант. потому как есть терминальная сессия с пользователем на сервере, есть рабочая машина с локальным пользователем, и есть еще одна машинка на которой работается