Договор в Евро.
Взаиморасчёты ведутся: в условных единицах.
Галочка "по документам расчётов с контрагентами" стоит.
Галочка "расчёты в условных единицах" стоит.
В БУ валютная сумма нулевая, а рублёвая - нет.

В РН "Взаиморасчёты с контрагентами по документам расчётов" остатки по договору нулевые.

Где поискать причину?

1. В расхождении курсов евро и УЕ
2. Перепровести доки по это линии взаиморасчетов

(1) По пункту 1 расхождения могут быть только тогда, когда EUR и у.е. - разные элементы справочника "Валюты", но, судя по вводной, у топикстартера это не так.

Поэтому пункт 1 изменю:
1. Проверить наличие курсов валют на даты операций.

И добавлю:
3. Запустить регламентный документ "Переоценка валюты" по всем периодам, в которых были операции.