Нужна обработка по замене ссылок в регистрах, а не только в документах и справочниках.
Сходу на инфостарте не нашёл, может кто поделится ссылкой? Для обычного приложения.

http://goo.gl/QHkLnP

А разве обработка с ИТС не везде меняет?

вот, можно менять везде:

Глобальный контекст (Global context)
НайтиПоСсылкам (FindByRef)
Синтаксис:

НайтиПоСсылкам(<СписокСсылок>)
Параметры:

<СписокСсылок> (обязательный)

Тип: Массив.
Массив со списком ссылок на объекты, ссылки на которые нужно найти.
Возвращаемое значение:

Тип: ТаблицаЗначений.
Возвращает ссылки на найденные объекты в виде ТаблицаЗначений.
Первая колонка - исходная ссылка.
Вторая колонка - ссылка на объект, если найденная ссылка соответствует объектной таблице или значение, олицетворяющее запись необъектной таблицы.
Третья колонка - объект метаданных, которому соответствуют данные в которых найдена ссылка.
Описание:

Осуществляет поиск ссылок на объекты, переданные в параметре <СписокСсылок>.

Доступность:

Сервер, толстый клиент, внешнее соединение.
Примечание:

Поиск осуществляется только в тех данных, которые доступны в рамках текущего сеанса с учетом разделения (условное разделение учитывается).
Пример:

Ссылки = НайтиПомеченныеНаУдаление();
ТабСсылок = НайтиПоСсылкам(Ссылки);
Для Каждого Ссылка из ТабСсылок Цикл
    Сообщить ("" + СокрЛП(Ссылка[0]) + "  " + СокрЛП(Ссылка[1]));
КонецЦикла;

Не знаю что за конфигурация у автора, но если у него есть в сервисе "Поиск и замена дублирующихся элементов справочников", то изучив её алгоритм, автор обратит внимание на то, что алгоритм обрабатывает все метаданные, в том числе регистры сведений и накоплений...

Не нашел на инфостарте? Странно:
http://goo.gl/DrDtsG

(4) насчет этого я в курсе, просто думал есть готовая обработка, время поджимает
(5) ссылок много, но того, что нужно, а именно замену не реквизитов документов, а замену в движениях документов - не нашёл, но за ссылки спасибо

(6) Так это и есть "готовая обработка" - список что на что изменять можно заполнить "вручную" произвольными значениями.
Ну или произвольным алгоритмом, вписанным в эту обработку.

Эта обработка, кстати, показывает ссылки на документы, но изменения вносятся не только в сами документы, но и в их движения.

Сам подумай: как может обработка удалить элемент, если не заменит перед этим ВСЕ ссылки на него?

регистры - сведений или накопления?
если первое - вот на ИС:
http://catalog.mista.ru/public/85412/