Вот запрос:
"ВЫБРАТЬ
    |    ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.ВидВзаиморасчетов КАК ВидВзаиморасчетов,
    |    ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.Контрагент КАК Контрагент,
    |    ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.Регистратор КАК Регистратор,
    |    ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаНачальныйОстаток КАК СуммаНачальныйОстаток,
    |    ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаПриход КАК СуммаПриход,
    |    ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаРасход КАК СуммаРасход,
    |    ВЫБОР
    |        КОГДА ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток < 0
    |            ТОГДА ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток * -1
    |    КОНЕЦ КАК НамДолжны,
    |    ВЫБОР
    |        КОГДА ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток > 0
    |            ТОГДА ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток
    |    КОНЕЦ КАК МыДолжны,
    |    ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.ПериодСекунда
    |ИЗ
    |    РегистрНакопления.Взаиморасчеты.ОстаткиИОбороты(&День1, &День2, Авто, ДвиженияИГраницыПериода, ) КАК ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты
    |
    |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    |    ВидВзаиморасчетов,
    |    Контрагент,
    |    ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.Регистратор.Дата

Подскажите почему может удваиваться конечный остаток?

Ещё есть это:
Если ДетализацияПоДокументам = Ложь Тогда
        Запрос.Текст = Запрос.Текст + " ИТОГИ
                                        |    СУММА(СуммаНачальныйОстаток),
                                        |    СУММА(СуммаПриход),
                                        |    СУММА(СуммаРасход),
                                        |    СУММА(НамДолжны),
                                        |    СУММА(МыДолжны)
                                        |ПО
                                        |    ВидВзаиморасчетов,
                                        |    Контрагент";
    Иначе
        Запрос.Текст = Запрос.Текст + " ИТОГИ
                                        |    СУММА(СуммаНачальныйОстаток),
                                        |    СУММА(СуммаПриход),
                                        |    СУММА(СуммаРасход),
                                        |    СУММА(НамДолжны),
                                        |    СУММА(МыДолжны)
                                        |ПО
                                        |    ВидВзаиморасчетов,
                                        |    Контрагент,
                                        |    Регистратор";
    КонецЕсли;

Регистратор похоже воду мутить

Нашел, что может мешать условие типа:
ВЫБОР
    |        КОГДА ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток < 0
    |            ТОГДА ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток * -1
    |    КОНЕЦ КАК НамДолжны,

Но оно мне нужно.

Пожалуй придется разбивать на Нам и Мы уже при выводе...

Так и есть проблема как написал в (3). Всем спасибо все свободны.

Поможет или нет я не знаю, но сделал бы так .
   ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток * ВЫБОР
       КОГДА ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток < 0
           ТОГДА  -1
иначе 0
    КОНЕЦ КАК НамДолжны,